Anfang des 12. Jahrhunderts beschloss das Generalkapitel des noch jungen Zisterzienserordens: In Städten, befestigten Orten und Dörfern dürfen keine Klöster gebaut werden. Dieses Gesetz wurde auch hier im Harz befolgt, als das dem Erzengel Michael geweihte Kloster entstand.

Wie zur Gründungszeit (1146) liegt Michaelstein auch heute noch abseits des städtischen Lebens von Blankenburg in idyllischer Harzrandlage. Es erlebte im Mittelalter eine längere wirtschaftliche Blütezeit, seine Äbte wurden wiederholt zu geistlichen Aufträgen durch die Päpste herangezogen. 1543 legte der letzte katholische Abt sein Amt nieder. Die Grafen von Blankenburg richteten eine Klosterschule ein, die auch nach Übernahme durch die Herzöge von Braunschweig Bestand hatte. Anfang des 18. Jahrhunderts ließ Herzog Ludwig-Rudolf umfangreiche Baumaßnahmen durchführen und ein Predigerseminar einrichten. Nach der französischen Fremdherrschaft hatte Michaelstein nur noch wirtschaftliche Funktionen, die das Klostergut auch nach der so genannten Bodenreform unter verschiedenen Rechtsträgern behielt. Heute hat die Musikakademie Sachsen-Anhalt für Bildung und Aufführungspraxis hier ihren Sitz. Das Kloster bietet ein reichhaltiges Veranstaltungsprogramm und ist ein beliebtes Ausflugsziel an der Straße der Romanik.

Die unterschiedlichsten Nutzungen und notwendigen Veränderungen gaben dem Kloster sein unverwechselbares Gepräge. Das Viereck der Mönchsgebäude um den Kreuzgang bildet den Mittelpunkt der Abtei. Dank umfangreicher Baumaßnahmen sind die Räumlichkeiten aus der spätromanischen und gotischen Zeit gut erhalten. Der Besucher erlebt im Kreuzgang, im Refektorium und im Kapitelsaal die eindrucksvolle Schlichtheit einer Zisterzienserabteit.