Das Viereck der Mönchsgebäude um den Kreuzgang bildet den Mittelpunkt der Abtei. Hier in der inneren Klausur befanden sich alle notwendigen Regularräume für die Professmönche. Es war der abgeschlossene Bereich der Ruhe. Durch umfangreiche Erhaltungs- und Sanierungsarbeiten sind wesentliche Teile dem Besucher zugänglich.

1 Museumseingang / Rezeption im Kalefaktorium
Das Kalefaktorium war ursprünglich der einzig beheizbare Raum des Klosters. Hier in der Wärmestube konnten die Mönche Pergament und Tinte für den Gebrauch herrichten, sich aufwärmen und ihre Schuhe einfetten.

2 Der frühgotische Kreuzgang verbindet alle vier Klausurflügel. Er ist das Kernstück der Anlage und diente der inneren Sammlung der Mönche. Im ältesten Teil, dem nördlichen Kreuzgang, erfolgte die abendliche Kollatslesung.

3 Der Saal im Südflügel war das Refektorium, der Speisesaal, in dem die Mönche gemeinsam ihre Mahlzeiten einnahmen. Heute finden hier vorrangig Konzerte und Veranstaltungen statt.

4 Für die Nutzung als Stall und Vorratsraum ist der Mönchssaal nach Auflösung des Klosters baulich stark verändert worden. Der Raum diente den Brüdern einst als Studier- und Arbeitssaal. Heute wird ein Teil als Durchgang zum Kräutergarten genutzt und zeigt die Dauerausstellung zu den Klostergärten.

5 In keinem Zisterzienserkloster fehlte der östliche Ausgang. Oft war er gleichzeitig das Auditorium, der Sprechraum. Die Mönche traten einzeln ein, der Prior wies ihnen die Arbeit zu und händigte die entsprechenden Arbeitsgeräte aus. Von hier erreichten sie dann unmittelbar die Gärten.

6 Der Kapitelsaal war einst Versammlungs- und Beratungsraum der Mönche. Von der späteren Nutzung als Kirche (1525 - 1720) zeugen noch heute die gemalten Weihekreuze an den Wänden. Es sind auch deutlich die historischen Putze aus verschiedenen Jahrhunderten erkennbar.
Das gesamte Obergeschoss dieses Ostflügels bestand ursprünglich aus nur einem großen Raum, dem Dormitorium. Dieser Saal erreichte solche Ausmaße, sollten doch nach der Ordensregel alle Mönche in einem Raum schlafen.

7 Der tonnengewölbte Raum weicht vom üblichen Bauschema einer Zisterzienserabtei ab. Seine unmittelbare Nähe zur Sakristei sowie zum nördlichen Kreuzgang (Lesegang) lässt auf eine Nutzung als Armarium (Bücherzelle) schließen. In diesem Bereich befand sich auch in anderen Abteien eine Bibliothek, Zelle oder Wandnische zur Aufbewahrung liturgischer Bücher. Bei den jüngsten Restaurierungsarbeiten wurden Reste des Originalfußbodens entdeckt. Einige vorgefundene historische Ziegelplatten dienten als Vorlage für die Neuen.

8 Eine weitere Besonderheit Michaelsteins stellt die sogenannte Abtskapelle dar, die ebenfalls vom Schema abweicht. Hier haben sich die einzigen gotischen Maßwerkfenster der Klausurgebäude erhalten. In der Literatur wird die Kapelle auch als Tonsorium erwähnt, wo den Mönchen die Tonsur geschnitten wurde.

9 Der Arkadengang wurde erst später dem älteren Kreuzgang vorgebaut. Er ist flach gedeckt und hat keine Strebepfeiler.

10 Die von der Klausur umschlossene freie Fläche wird in der Literatur als Kreuzgangshof oder Kreuzgarten bezeichnet. Dem Eingang zum Refektorium gegenüber befand sich üblicherweise, vom Kreuzgang in den Hof gebaut, das Brunnenhaus. Dort wuschen sich die Mönche täglich das Haupt und vor den Mahlzeiten die Hände. Noch im 17. Jahrhundert war ein "großer Runder Rohr wasserstein", die Waschschale, vorhanden. Heute wird der Hof für unterschiedlichste Veranstaltungen genutzt.

11 Der Westflügel war ursprünglich den Laienbrüdern vorbehalten. Seine heutige Gestalt erhielt er durch die Umbauarbeiten im Auftrag des Herzogs Ludwig-Rudolf von Braunschweig Anfang des 18. Jahrhunderts. Die barocke Kirche im nördlichen Teil wurde 1720 im Beisein des Herzogs geweiht. Im gesamten Westflügel finden zur Zeit Sanierungsmaßnahmen statt. Während der Bauzeit (bis Herbst 2012) ist der gesamte Bereich nicht zu besichtigen. In den ehemaligen herrschaftlichen Räumen in der oberen Etage wird ab Ende 2012 die Ausstellung historischer Musikinstrumente in einem neuen Konzept zu besichtigen sein.